‘일년전쟁’의 썬더볼트 주역 격전으로부터 1년…. 사이코 자쿠를 손에 넣은 신흥교단 남양동맹을 제압할 ‘썬더볼트 작전’의 수행원으로 신형 아틀라스 건담에 올라탄 이오 플레밍. 그리고 유아로 퇴행한 칼라 교수를 원래대로 돌려놓고 사이코 자쿠를 다시 타기 위해 지온 공국을 배신하며 남양동맹에 뛰어든 대릴. 두 사람의 운명이 지금, 남양동맹이 만든 사이코 자쿠 제조기지인 지구의 ‘탈화산기지’에서 또다시 맞부딪친다.